El comienzo de su reinado estuvo marcado por la batalla de Muret (1213), en la que murió su padre Pedro II el Católico, dejando al pequeño Jaime bajo la custodia de Simón de Monfort, el vencedor de Muret, que le retuvo como rehén hasta que por orden del Papa Inocencio III fue entregado a los Templarios en 1214.
Muret también marcó el inicio del fin de la política de expansión catalana en la Occitania, que quedaría definitivamente vinculada a Francia, dirigiéndose, a partir de entonces, los intereses catalana-aragoneses hacia el Mediterráneo, política en la que Jaime I obtuvo grandes éxitos, por los que recibió el apodo con el que ha pasado a la historia: El Conquistador.
Tenía unos seis años cuando fue jurado en las Cortes de Lérida de 1214. En septiembre de 1218 se celebraron por primera vez en Lérida unas Cortes generales de aragoneses y catalanes, en las cuales fue declarado mayor de edad. Heredó el señorío de Montpellier a la muerte de su madre María de Montpellier.
Los primeros años del reinado de Jaime I El Conquistador fueron difíciles. La anarquía se apoderó tanto de Aragón como de Cataluña, mientras el rey-niño permanecía en el castillo de Monzón a cargo de los Caballeros Templarios, siguiendo las disposiciones de la reina María, muerta en 1213 en Roma, la regencia era ejercida por su tío Sancho Raimúndez, conde de Rosellón, que tuvo que hacer frente a frecuentes revueltas nobiliarias, que finalizarían con la paz de Alcalá (1217). Jaime I asumió la dirección de sus estados en 1225. En febrero de 1221 se desposó con Leonor de Castilla, hermana de Doña Berenguela y tía de Fernando III de Castilla.
Anulado su primer casamiento por razón de parentesco, contrajo segundo matrimonio con la princesa Violante, hija de Andrés II, rey de Hungría el 8 de septiembre de 1235. Por testamento de su primo Nuño Sánchez, heredó en 1241 los condados de Rosellón y Cerdeña y el vizcondado de Fenolledas en Francia.
Durante los quince primeros años de su reinado mantuvo diversas luchas contra la nobleza aragonesa que incluso llegó a hacerle prisionero en 1224. En 1227 afrontó un nuevo alzamiento nobiliario aragonés dirigido por el infante Fernando, tío del rey, que terminó, gracias a la intervención papal a través del arzobispo de Tortosa, con la firma de la concordia de Alcalá en marzo de ese año. Este tratado marcó el triunfo de la monarquía sobre los levantiscos nobles dándole la estabilidad necesaria para iniciar las campañas contra los musulmanes. Esta estabilidad logró el apaciguar las reclamaciones de la nobleza, antes de afrontar el esfuerzo reconquistador por el que pasaría a la historia.