Seine Regierungszeit begann mit der Schlacht von Muret (1213), in der sein Vater Peter II (Pedro II el Católico) zu Tode kam. Der kleine Jakob wurde in die Obhut von Simon von Monfort, dem Sieger von Muret, gegeben. Dieser hielt ihn als Geisel gefangen, bis Papst Innozenz III im Jahr 1214 anordnete, dass Jakob den Tempelrittern übergeben werden müsse.
Mit Muret begann außerdem der Niedergang der Katalanischen Expansionspolitik in Okzitanien. Diese blieb nun endgültig mit Frankreich verbunden und ab diesem Zeitpunkt konzentrierten sich die katalanisch-aragonischen Interessen auf den Mittelmeerraum. In dieser Politik war Jakob I sehr erfolgreich und erhielt dadurch seinen Beinamen, der in die Geschichte einging: Der Eroberer.
Im Jahre 1214 wurde er im Alter von 14 Jahren im Parlament von Lérida beeidigt. Im September 1218 wurde in Lérida erstmals ein Parlament von den Aragoniern und den Katalanen abgehalten. Hier wurde er als für volljährig erklärt. Als seine Mutter María von Montpellier starb, erbte er die Herrschaft über Montpellier.
Die ersten Jahre der Regierungszeit Jakobs I, des Eroberers, waren schwierig. Die Anarchie bemächtigte sich Aragoniens und Kataloniens, während der kindliche König in der Burg von Monzón bei den Tempelrittern blieb. Nach dem Willen seiner Mutter, der Königin Maria, die im Jahr 1213 in Rom verstarb, wurde die Herrschaft von Jakobs Onkel Sancho Raimúndez, dem Fürsten von Rosellón, übernommen. Dieser musste den häufigen Adelsaufständen standhalten, die mit Frieden von Alcalá im Jahre 1217 ein Ende nehmen sollten. Im Jahre 1225 übernahm Jakob I die Führung über seine Staaten.
Er heiratete im Februar 1221 Eleonore von Kastilien, die Schwester von Doña Berenguela und Tante von Ferdinand des III von Kastilien. Aus Verwandtschaftsgründen löste er seine erste Ehe auf und heiratete am 8. September 1235 Prinzessin Jolanthe, die Tochter von Andreas II von Ungarn. Wie es sein Cousin Nuño Sánchez in seinem Testament verfügte, erbte Jakob 1241 die Grafschaften von Rosellón und Cerdeña und die Vizegrafschaft Fenolledas in Frankreich.
Während der ersten fünfzehn Jahre seiner Regierungszeit kämpfte Jakob immer wieder gegen den aragonesischen Adel an und wurde im Jahr 1224 sogar zu deren Gefangenem. Im Jahr 1227 wurde er erneut mit Aufständen der Adelsopposition von Aragon konfrontiert, die von Ferdinand, dem Onkel des Königs, angeführt wurden. Diese nahmen ein Ende, als schließlich der Papst eingriff und den Erzbischof von Tortosa entsandte, um den Frieden von Alcalá im März desselben Jahres zu unterzeichnen. Dieses Abkommen bedeutete für die Monarchie einen Sieg über die Adelsaufstände und verlieh ihr die nötige Stabilität, um die Feldzüge gegen die Muslime zu beginnen. Mit dieser Stabilität schaffte es Jakob schließlich, die Forderungen des Adels zu befriedigen, bevor er weitere Eroberungsanstrengungen unternahm, die schließlich in die Geschichte eingehen sollten.